医療費控除 計算ツール（還付金・住民税軽減・ふるさと納税対応）

医療費控除の計算のしくみ

医療費控除額は以下の計算式で求められます：

医療費控除額 ＝（実際に払った医療費 − 保険金等の補填額）− 足切り額
足切り額 ＝ 10万円 と 総所得金額×5% の低い方
上限：200万円

年収が低いほど「総所得×5%」が10万円を下回るため、足切り額が小さくなり控除を受けやすくなります。

還付金の計算例

※ 概算値。保険金補填なし・扶養なし・独身のケース。所得税還付は「医療費控除を引く前の所得税額」−「引いた後の所得税額」（＝差分方式）で算出しています。控除額に税率を掛けるだけの簡易式は、控除が税率区分（5%・10%・20%…）の境界をまたぐと誤差が出るためです。課税所得は年収 − 給与所得控除 − 基礎控除 − 社会保険料控除（年収の約15%）で求めています（国税庁 No.2260 の速算表は課税所得に適用するため）。年収250万円は総所得金額等が200万円未満のため足切り額が「総所得金額等の5%（83,500円）」になります。

年収500万円の2行に注目してください。課税所得は約213万円で、控除10万円なら203万円（10%区分）、控除20万円なら193万円（5%区分）と、控除が195万円の境界をまたぎます。 このとき「控除額×税率」で計算すると 20万円×5%×1.021＝10,210円となり、控除が2倍なのに還付が1円も増えないという誤った結果になります。 正しくは 所得税117,925円 − 98,526円 ＝ 19,399円です（またいだ上側は10%、下側は5%で効くため）。

ふるさと納税と医療費控除の組み合わせ注意点

医療費控除で確定申告をする場合、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になります。ふるさと納税分も確定申告で申請する必要があります。また、医療費控除を受けると課税所得が下がるため、ふるさと納税の上限額もわずかに下がります。

注意: ワンストップ特例を使っていた場合、医療費控除で確定申告をすると自動的にワンストップ特例が無効になります。ふるさと納税の寄付金受領証明書も確定申告に添付してください。

医療費控除とセルフメディケーション税制の選択適用

セルフメディケーション税制とは、特定一般用医薬品等（スイッチOTC等）の年間購入額が1万2千円を超えた場合に、超えた金額（最高8万8千円）を所得控除できる、医療費控除の特例です。現行の適用期限は令和8年12月31日（2026-12-31）までです。令和9年（2027年）以降の延長については厚生労働省から延長要望が提出されており、税制改正の動向に注意が必要です。最新情報は国税庁の公式ページでご確認ください。

通常の医療費控除との選択適用であり、同じ年に両方を併用することはできません。年間医療費が10万円を超えるなら通常の医療費控除、超えないがOTC医薬品の購入が多いならセルフメディケーション税制が一般に有利です。

医療費控除の対象になるもの・ならないもの

e-Tax・マイナポータル連携で医療費控除をもっと簡単に

マイナンバーカードを使ったe-Taxによる確定申告では、マイナポータル連携で医療費通知情報（XMLデータ）を自動取込できます。健康保険組合等が発行する医療費通知のデータが申告書に自動入力されるため、領収書を1枚ずつ入力する手間が省けます。

• 対象: マイナンバーカード所持者のe-Tax申告（スマホ・PCどちらも可）
• 取込可能時期: 原則2月9日以降（申告年分1月〜12月の1年間分）
• 自動入力対象外: はり・きゅう・柔道整復療養費等は手入力が必要

参考公的ソース

• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「No.1125 医療費控除の対象となる介護保険制度下での施設サービス等の対価」
• 国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）」
• 国税庁「確定申告特集 セルフメディケーション税制」
• 国税庁「医療費控除を受ける方へ」令和7年分確定申告特集
• マイナポータル「医療費通知情報データ（XMLファイル）の取得方法」

主要根拠リンク（出典バッジ）: 出典: 国税庁 No.1120 (2026/5/9確認) 出典: 国税庁 No.1129 (2026/5/9確認) 出典: 厚生労働省 (2026/5/9確認)